河水蚌并非一对独立的个体,而是雌雄异体动物，其性腺（通常被称作“斧足内”）藏匿在腹腔中央的肌肉组织中，而不是位于身体表面，为了从性别进行区分，首先需割开河蚌腹腔内器官，取出性腺并将内脏去除，从而让雌性蚌失去生殖能力，这种方式对于杀死河蚌并不实际可行。
在河蚌繁殖过程中,每隔一段时间，雌性河蚌就会依次产下一批个体，即雌蚌的精子和雄性亲螺（海螺的一种，通常以其贝壳特征和形状命名）相互结合受精，雌蚌还在体内孕育即将生产的仔蚌，在河蚌产卵的过程中，河蚌会分泌大量乳白色液体，这是它的蛋白，作为胚胎发育的载体，同时也是防止病毒侵袭幼蚌的重要屏障。
雌性河蚌不仅产卵期间受孕,而且在整个生命周期中均会进行产卵活动，随着年龄的增长，河蚌卵巢中的卵粒数量会逐渐增加，导致每年至少3月至4月河蚌开始繁殖，雌性河蚌通过人工取卵的方式，将精子分散入水中，用于鱼卵的受精。
河蚌的繁殖过程包括以下步骤：
- 雌雄异性生殖器官分离：雌性河蚌将性腺从体内取出，去除内脏以实现性腺减小或消失。
- 性腺受精：在体内的性腺内形成受精卵。
- 母体孕育和产卵：雌性河蚌会在体内连续产卵，每个季度轮番进行，一般约为三个月左右。
- 生殖释放：受精卵孵化成小幼蚌，其中包括雌蚌（通常作为水生植物的壳或鱼类幼体）和雄性亲螺。
- 内部生理调节：由于河蚌具有双壳结构，且性腺处于其主体，故整个过程伴随着对性激素水平的调整，以确保个体的健康发育。
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