（1）大便常规样本采集：标本务必新鲜，防止干燥影响化验结果，当病儿在排便后立即使用竹签取一拇指大小的大便碎片（要求清洁卫生）放入干净的硬纸盒内，如有腹泻情况，应将大便置于不含水分的容器中进行标本采集，提取样本数量需适中，过少会因个体差异而影响检测结果。
（2）大便隐血标本采集：此过程主要针对确定病儿是否存在消化道出血问题，为了减少假阳性反应的发生，建议病儿在发病前连续三天禁止食用肉类、肝脏、血液等可能刺激肠道、引起出血的食物，并严格控制摄入富含铁质的蔬菜和水果以及含有铁质药物等，以保证标本质量，样本采集应在室温维持在36-37摄氏度之间，在短时间内将其送至医院，通常可在冷箱或保温容器中进行操作，有利于保存标本的有效性，在标本采集过程中，应选取粪便中具有脓血和黏液部分的部分，若能成功采到含毛蚴的分泌物，显示阴性反应的可能性较大。
（3）检查阿米巴痢疾原虫标本采集：采集新鲜的大便后，需要尽快并固定于无菌容器中送至医院，最适宜的环境温度为36-37摄氏度，以确保组织仍处于活性状态，以便能在较低温度下检测其存在，当病人排出暗红色、淡黄色或深棕色带脓、鲜血样黏液的大便时，应选择未受污染且黏液较多的部位作为样本进行培养，否则即便样品本身为阳性，标本处理不当也极有可能转阴。
（4）大便培养致病菌标本采集：病人的粪便样本在采后必须立即送至实验室进行细菌培养，避免因细胞外流动性减慢或抑制导致实验结果发生偏差，通常使用高压蒸汽灭菌方法对采集的粪便样本进行彻底的消毒，然后迅速冷却，然后送至实验室的微生物培养箱中，置放至少48小时，在这一阶段，通过观察培养皿中的菌落形态、颜色、质地等特征，可以判断出革兰氏阴性和阳性细菌的存在，从而准确地识别出致病菌类型，有助于医生制定有效的治疗方案，对于病人体内的粪便样本，采后应及时送至医院进行细菌培养是十分必要的一步骤。