至于琴酒的酒厂卧底,目前已知的主要卧底身份包括以下几位：
第一位卧底：安室透，本名降谷零，该卧底由日本公安警察派遣，深度渗透至黑衣组织，其真实身份在组织内部已被赤井秀一所揭露。
第二位卧底：基尔，本名本堂瑛海，由美国中央情报局派遣，深入黑衣组织进行卧底调查，曾因一次暗杀行动遭遇车祸昏迷，后经FBI保护重新恢复行动，其弟弟本堂瑛祐也被FBI保护，以换取其对黑衣组织情报的提供。
第三位卧底：本堂瑛祐，本名水无怜奈，为黑衣组织卧底，同时也是CIA谍报员本堂瑛海的亲生儿子，其父亲本堂瑛海在为保护妹妹基尔而**身亡。
第四位卧底：黑麦威士忌，本名未知，由FBI派遣，负责对黑衣组织进行长期监视与情报收集。
这些卧底的真实身份均为黑衣组织所不知,直至他们的真实身份被赤井秀一或柯南等人揭露。
至于琴酒与赤井秀一的关系,按照常规认知，两人是敌人，琴酒隶属于黑衣组织，而赤井秀一曾经是黑衣组织的卧底，后归为FBI，如果从特殊的视角来看，两人之间也蕴含着复杂的情感纠葛，作为卧底与卧底之间的对手，两人既有利益冲突，又有命运的交织，形成了一种微妙的暧昧关系，这种特殊的情感张力，源于他们在黑衣组织中的相互追逐与背叛，又源于他们各自的坚守与牺牲，这种看似矛盾的关系，反而让两人在黑暗中留下了一段难以忽视的印记。
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