两者在馆级别上都属于综合性博物馆,但国家博物馆隶属于中华人民共和国文化部，具有国家级的综合性博物馆地位，首都博物馆则属于北京S级的综合性博物馆。
国家博物馆的建筑规模更为宏大,总建筑面积近20万平方米，是世界上建筑面积最大的博物馆，首都博物馆的总建筑面积约为6.33万平方米。
在珍藏品数量上,国家博物馆的藏品数量超过100余万件，展厅数量48个，是中华文物收藏量最丰富的博物馆之一，首都博物馆则拥有常设展览藏品5622件，展馆面积为地上五层、地下二层。
至于地理位置,国家博物馆位于北京S中心天安门广场东侧，东长安街南侧，与人民大会堂东西相对称，而首都博物馆位于北京长安街西延长线上、白云路的西侧，复兴门外大街16号。
需要注意的是,首都博物馆馆藏文物共计8.3万余件，其中一级品305件，涵盖新石器时代到明清多个时期的文物，如京郊琉璃河出土的周代铜器"堇鼎"、"伯矩鬲"、"碧玉版十三行"等珍贵文物，对研究北京古代历史具有重要意义。
首都博物馆的开馆时间在不同年份有所不同,2015年大年初二至初六期间，博物馆如常开放，新馆于2006年5月18日正式开馆，其展陈定位注重北京文化的展示及都城发展史，致力于打造中国一流博物馆的品牌陈列。
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