对于已经发芽的部分，通常是带有毒性的芽眼和芽根部分，在处理土豆之前，应首先将芽眼及附近部分挖除，以免毒素扩散至其他部位，剩余的部分是可以安全食用的，因为此时的毒素主要存在于芽眼及其周围区域，在加工土豆前,需要通过适当的烹饪方式去除这些有毒物质。
当土豆刚发芽时，可以用刀具小心地去掉一个芽眼并将其旁边的嫩芽全部剪去；而剥皮后，可以选择用沸水将土豆烫热后，再加入适量的盐进行浸泡半小时，然后冷却下来再次使用，这种处理方法能够有效地保留土豆中的龙葵碱成分，使其与淀粉形成稳定的复合物，使烹饪后的土豆口感鲜美,营养保留度高。
考虑到土豆作为家庭主粮的地位，若土豆发芽并产生毒性，可能会影响到全年的收成，导致家庭经济的压力增大，如果家里的土豆季节性种植且经常大量收获，那么在春季可能因蔬菜滞销而在菜铺出售的土豆多为已经生过芽的部分，在这种情况下，正确处理发芽土豆的关键在于尽可能地保留其营养价值,防止毒素对人体健康的损害。
发芽的土豆虽然含有一定量的毒素，但只要及时去除芽眼和芽根部位，并通过适当烹饪方式处理，一般不会对健康造成严重影响，对于大多数情况下，可以选择性食用尚未发芽但适宜食用的部分，以保证营养均衡和餐桌上的美味，需要注意的是，因地域、品种等因素的不同，有些地方可能会有专门的土豆产区或者口味偏好差异，如湖南等地的特色食材如土豆烧肉等，可能更为安全食用，保持土豆食品安全的基本原则仍然是：不建议随意丢弃已发芽土豆，尽量控制食用数量,避免摄入过多毒性成分。
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