远古的黑暗中,一声震撼的咆哮从西伯利亚的雪原传来，1991年冬，格比德上校带着一张空洞的身份证进入了这个被世人遗忘的黑天鹅港，他的目光扫过满地的龙骨，映入眼帘的是几具巨大的龙尸，还有几具被切割的龙胚胎，实验室里，标本被精确地标记着：每一个样本都来自不同品种的龙族，格比德上校的瞳孔猛地收缩，他从未见过如此完美的实验数据。 突然，一声剧烈的爆炸打破了死寂的夜空，碎片化的火光在空中绽放，冲击波将格比德上校掀翻在地，等他挣扎着爬起来时，实验室已经化为一片废墟，所有的样本和研究资料不见了踪影，唯一的遗迹是地上散落的文件，上面写着一句简短的实验报告："成功取出了三种不同品种的龙族胚胎，存放在实验室深度冷冻库。"
格比德上校被带到了一个隐秘的基地,这是一个世人所未知的秘密基地，位于西伯利亚最偏僻的山脉深处，基地里的每一个技术设备都显示着超越现代科技的精密度，而那些被囚禁的龙族胚胎，正以惊人的速度发育着。
就在格比德上校准备开口的时候,他感觉有一道冰冷的金属物体抵住了他的喉咙，基地的领头人冷冷地说道："你知道吗？你带给我们最大的礼物不是那些胚胎，而是你带来的这场灾难。"格比德上校的瞳孔猛地收缩，他终于明白了什么，二十年前那个爆炸，不仅毁灭了所有的实验数据，更重要的是带走了一个可怕的秘密。
而这个秘密,就在眼前这个神秘男孩手中，这个男孩带着一个女孩，一个叫雷娜塔的女孩，她的目光中闪烁着一丝难以名状的忧郁，这个男孩，他的名字叫阿尔法，曾经也是一个普通的少年，直到那个致命的夜晚，他的生活彻底改变了。
二十年后,日本海域发现了一串令人震惊的龙族心跳信号，这些信号传得极远，甚至在一艘普通的渔船上也被侦测到了，日本政府立刻采取行动，派出了特种部队的负责人——校长昂热，他亲自制定了一个特别计划：SS计划，这个计划的核心是找到龙族的秘密，揭开这个古老种族的面纱。
而执行这个任务的,将是三个性格迥异的少年：凯撒、楚子航和路明非，他们都是混血种，拥有着超乎常人的能力，他们的任务是潜入日本，接触日本分部，获取情报，同时也要完成一项神秘的任务，在这个过程中，他们将遇到日本最危险的黑道势力，也将结识一群志同道合的朋友，从街头的夜生活到商场的疯狂购物，从深夜的探戈到地下赛车的激情澎湃，他们的生活充满了色彩和刺激。
事情的复杂性远远超出了他们的想象,深潜器将这群少年送到了八千米深的海底，他们目睹了令人惊叹的龙族城S，在那里，古老的文明与现代科技完美融合，形成了一个独特的生态系统，龙族的胚胎开始孵化，奇妙的生命力在海底迸发着光彩，随着深潜器出现故障，日本分部的联系也中断了，三个少年将面对人类最严峻的考验，在生死边缘挣扎，试图找到拯救自己的办法。