数码宝贝2开篇引入了新的角色望月芽心，她带着缅因猫兽进入数码世界，芽心的数码宝贝却是被感染的数码宝贝，这一细节让剧情一开始就充满了紧张感，随后，剧情展开了人类世界与数码世界之间的纷争，数码兽大肆破坏人类世界，太一等人接纳望月芽心，尽管如此，芽心始终隐瞒了自己是传染源的事实,这一设定为后续剧情埋下了伏笔。
剧情发展中，一代数码兽被感染，互相残杀的场景令人心痛，充满了感人至深的瞬间，通过"重启"这一设定，数码世界与人类世界的危机得到了暂时解决，一代的数码兽回归数码世界，失去了与人类的记忆，这一结局也带来了新的遗憾，尤其是望月芽心的个性令人难以接受，她胆小懦弱，常常表现得自私和任性，最终未能与众人汇合,令人感到遗憾。
剧情的后期引入了新的冲突，特别是一代众人在数码世界中遭遇新的威胁，缅因猫兽合体成秩序兽，威胁到了两岸的和平，众人最终齐心协力战胜了黑暗势力，成功解救了人类世界，虽然一代与数码宝贝在人类世界过上了幸福的生活,但缅因猫兽的牺牲以及芽心的个性依然让人难以接受。
关于太一和亚古兽的结局，第二部的最后一集提到，25年后，太一与亚古兽成为了现实世界与数码世界的著名外交官，他们的结局充满了和平与希望的意味，至于数码宝贝2中巴达兽的进化，第7集（嘉儿的记忆）中，巴达兽在与守卫兽的战斗中进化成天使兽，但因外界环境的干扰又退化了，第34集（圣石保卫战）中，巴达兽再次进化，超进化成神圣天使兽,展现了强大的实力。
剧情的发展中，数码宝贝2通过一代与二代的对抗，以及新的数码宝贝的登场，展现了丰富的世界观和复杂的人物关系，虽然剧情中存在一些不完整的地方，比如二代沉睡的原因以及玄内老人的真实身份等,但这些设定为后续剧情提供了丰富的想象空间。
总体而言，数码宝贝2通过紧张的战斗场面、深刻的情感冲突以及丰富的世界观，为观众带来了一部充满张力的动漫作品，尽管部分角色和剧情设计有争议,但其独特的设定和情感张力令人印象深刻。