故事始于1991年，陈永仁(余文乐)与刘健明(陈冠希)在警校大门外擦身而过，这个场景开启了前传的解构与未来预视，倪坤(吴镇宇)作为倪氏家族的龙头大佬，在香港黑帮领域占据至关重要的地位，旗下五大头目各自掌控不同的势力范围，倪坤的命运突然被上天打断——他被一位神秘人枪杀，这个消息传出后,原本稳坐江湖顶峰的倪氏家族一夜之间陷入了混乱。
四大头目对倪坤的逝世心怀不甘，纷纷准备伺机发动内讹，在这场即将展开的黑帮风波中，有一个鲜为人知的角色逆袭而出——倪永孝(吴镇宇)，一个看似平凡的会计师，他的城府和权谋远超出大家的想象，他凭借一己之力，在不费一兵一卒的情况下，将四大头目彻底击败，接管了整个家族的领导权，这个出人意料的转折，让黄志诚(黄秋生)对他产生了强烈的警觉,决定派出陈永仁进行长期卧底。
陆启昌(胡军)对此深表反对，他认为派陈永仁去执行这么危险的任务是大错特错，但黄志诚却一意孤行，坚定了自己的决定，陈永仁进入了倪永孝的势力范围，逐渐获得了他的信任，担任了重要职位，在这期间，他遇到了韩琛(曾志伟)的手下傻强(杜汶泽),两人之间的关系逐渐从陌生到不相识。
韩琛为了巩固自己的地位，早已安排刘健明成为警察部的一名线人，向警方通风报讯，时间推移到三年后，陈永仁在倪永孝的势力中渐渐站稳脚跟，而刘健明也凭借韩琛提供的情报在警队中逐渐崭露头角，甚至对韩琛的女友Mary(刘嘉玲)产生了好感。
倪永孝在权力与势力的顶峰时刻，下定决心清除一切可能威胁他的因素，一夜之间，四大头目遭到一系列精准的暗杀，而韩琛也在泰国受到了袭击，最终下落不明,整个香港陷入了血雨腥风的惊心动魄之中。
随着真相逐渐浮出水面，倪永孝发现了父亲当年被杀的真相，原来，Mary为了帮助韩琛登上权力之巅，与警方的黄志诚合谋策划了倪父的暗杀，这个令人震惊的真相让刘健明不得不保护Mary逃离现场，在这一系列事件中，刘健明向Mary表白了自己的爱意，但Mary并未接受,Mary的命运却再次被推向危险的边缘。
另一场悲剧在警队内部上演，黄志诚成为了倪永孝的下一个目标，但陆启昌却在关键时刻成了替死鬼，黄志诚痛失好友，同时也面临了警队内部对倪坤被杀事件的调查,这让他不得不决定向倪永孝发起反击。
时间快进到1997年，韩琛从泰国清迈重返江湖，原来，他在枪口下逃过一劫，一直与傻强等人潜伏在异国他乡，黄志诚找到了韩琛，两人达成了合作协议，韩琛同意以自己的经历和证据作为污点回港，指证倪当年犯罪行为，这将彻底摧毁倪永孝的权力地位，韩琛在经历了泰国的磨难后，性格发生了巨大的变化,他变得越来越不受控制。
黄志诚深知自己种下的祸根已经无法挽回，但希望通过抓捕韩琛来解除这场灾难，陈永仁和刘健明也被迫重新投入卧底工作，陈永仁与多年情人May(傅嘉莉)的感情陷入了裂缝，两人最终分手，而刘健明则重新回到韩琛的势力中，却遇到了一个失恋后的少女Mary(赵颂茹),这段回忆让他陷入了深深的困扰。
香港回归的时代即将到来，新的一轮故事也在无间道中愈发展开，四人之间的纠葛与宿命似乎注定要在这片血色的土地上继续延续……