故事发生在《生化危机2》之后不久，丧尸病毒在拉昆S继续蔓延，玩家扮演主角吉尔·瓦伦蒂娜，在S中心的爆炸和病毒爆发后，她醒来发现整个城S已经被病毒覆盖，吉尔得知病毒的源头是一种名为T-病毒的生物武器，由世界最大的医药公司—安布雷拉公司制造，她的目标是幸存并逃离这座城S,并揭开安布雷拉公司的阴谋。
在逃离城S的过程中，吉尔遇到了一名来自安布雷拉公司的特工卡洛斯·奥利维拉，他的目标是拯救幸存者并找到逃离城S的方法，吉尔与卡洛斯合作，他们遇到了各种生化怪物，包括变异的人类和被T-病毒感染的生物。
在他们的冒险中，吉尔揭示了安布雷拉公司的真正目的，他们计划摧毁整个城S，以掩盖他们在病毒研究和生化武器开发中的罪行，吉尔和卡洛斯设法阻止了公司的计划，并揭示了更大的阴谋，他们发现安布雷拉公司正在开发一种更强大的病毒,目标是全球性的生化武器战争。
吉尔和卡洛斯成功逃离了城S，但城S被安布雷拉公司引爆，被火焰吞噬，他们知道这只是故事的开始，全球范围内的生化危机仍在继续,他们决心继续对抗安布雷拉公司并揭露他们的罪行。
是《生化危机3》的主要剧情梗概,玩家在游戏中将亲身体验吉尔和卡洛斯的冒险和对抗生化威胁的过程。
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