故事背景设定在康熙十二年,以丹格格在与恭亲王爱新觉罗常宁成亲的途中误入嫔妃紫荷的马车，被皇帝临幸，怀着身孕的以丹格格为了保护女儿，选择退婚并带着丫鬟青儿逃离家门，隐居尼姑庵，在生下女儿涵香时，为保住女儿而葬身火海，在涵香长大后，她进入皇宫成为衣作坊的宫女，因表现出色却遭到同侪雅雁的排挤，趁皇太后大寿之际，涵香选择离开宫廷进入S井，在S井中，她遇到了三贝勒海善，两人逐渐产生了感情，太子胤禔对涵香也产生了好感，而海善对此并不满意，太子妃更是对涵香始终保持距离。
内务总管为报涵香的救命之恩,拔擢了她，涵香凭借身上的玉蝴蝶玉佩，逐渐发现自己的身世之谜，并开始调查母亲被杀的真相，经过一系列的调查，她逐一审视了康熙、外祖父母、静妃的娘家人、恭亲王以及皇后等角色，最终发现了真相。
在最终的高潮场面中,涵香发现了真正的凶手竟是烈亲王塔尔，塔尔在狱中回忆起过去的罪恶，深深自责，最终选择了自尽，替这一桩长达十多年的案件划上了句点。
《深宫谍影》不仅沿用了传统宫廷古装剧中的戏说与宫斗元素，更融入了现代热播剧中的流行元素，形成了一场色彩斑斓的大拼盘，这部剧不仅剧情精彩，还以出色的演员表现和华丽的古装道具为加分项，堪称观众的首选佳作。
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剧集评价方面,这部剧以其精彩的剧情和出色的演员表现赢得了观众的喜爱，剧中不仅有令人捉腹的宫斗戏码，还有充满悬疑的谍情纠葛，堪称一部兼具娱乐性与观赏性的佳作。