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生理生化变化：苹果在生长过程中，由于各种内在因素如温度、湿度、光照、糖分积累等因素的影响，可能会发生腐烂现象，导致苹果内部产生有害微生物，进而影响其营养价值，这些微生物通过破坏苹果细胞壁和酶系统，引发生物化学反应，释放出类黄酮、有机酸、硫醇等活性物质，这些物质对人体健康有潜在危害，特别是对于胃肠道刺激性强、易引起过敏反应的人群。
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长期储存不当：若苹果长期暴露在室温下或冰箱内，其中的细菌繁殖速度快，发酵作用旺盛，会产生各种有害物质，如亚硝酸盐、黄曲霉素等，对人体健康构成威胁，在冷藏条件下，如果不妥善处理或使用不当（如保存不当），这些物质可能加重对果蔬的污染和损害，导致水果品质下降,甚至引发疾病。
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个人饮食习惯：有些人认为烂苹果没有毒性，可直接食用，实际上这并非如此，烂苹果中含有大量霉菌毒素，如黄曲霉毒素、青霉毒素等，它们对人体肝脏、肾脏等多个器官具有强烈的毒害作用，长期摄入可能导致肝癌、肾炎等多种严重疾病，这些毒素对肠胃道功能也有严重影响，严重者可能会引发恶心呕吐、腹泻等症状,不宜随意食用。
烂苹果应尽量避免食用，对于家中的烂苹果，如果是完全腐烂，且伴随恶臭气味、颜色变深或者肉质松软等问题，可能存在真菌或霉菌感染的风险，应予隔离并扔进对应的厨余垃圾桶，而未彻底腐烂但仍有轻微异味、色泽稍暗或带有一丝青绿色斑点的烂苹果，可以用于制作苹果酱、果汁或其他烹饪菜肴，但在购买前需仔细检查，并确保已经完全清理干净，储存烂苹果应注意通风、防潮、避光，减少其滋生条件,延长其保质期。
虽然烂苹果不一定有毒，但如果经常食用并结合存放条件不当等因素，确实有可能对人体健康造成一定的影响，日常生活中应该正确对待烂苹果，遵循“源头控制、预防为主”的原则，合理分类和储存，以降低其在食物链中的风险，并保障人体营养安全，对于消费者来说，购买新鲜、完整的苹果是最佳选择，尽可能避免购买已过度陈旧、腐烂发霉的水果,以免给自己和家人带来不必要的健康隐患。