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提交申请：申请人可先在网上提前预约申请，或直接到现场提出申请，并按照规定填写中国公民出入境证件申请表,准备好需要提交的相关证明材料。
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照相机采集：申请人在工作人员的指引下进行指纹采集或核验指纹，16周岁以下申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定,采集后拿号等待办理。
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签名确认：受理申请后，工作人员对申请人提交的材料进行初审,并出具缴费单给申请人。
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费用缴纳：申请人到指定窗口缴纳办证及签注所需的费用，制证费用1元，签注费用以签注类型而定,并领取回执单。
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制作证件：受理申请后，由S公安机关出入境管理机构负责制作电子港澳通行证,并将制作好的证件送回接受申请的出入境管理机构。
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发放证件：申请人在制证完成后，到办理的出入境管理机构领取证件；若选择快递形式收件的话,只需等候快递人员上门进行签收即可。
港澳通行证的法律依据：
《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第六条
内地公民因私事前往香港、澳门，须向户口所在地的S、X公安局出入境管理部门提出申请。
第九条
内地公民因私事申请前往香港、澳门,须回答有关询问并履行下列手续：
（一）交验户口簿或者其他户籍证明。
（二）填写申请表。
（三）提交所在工作单位对申请人前往香港、澳门的意见。
（四）提交与申请事由相关的证明。
深圳港澳通行证异地办理？
外地港澳通行证可以在深圳续签吗
港澳通行证是深圳办理的且想办理个人游签注，如果属于这种情况的，只需在办理系统中选择“港澳个人游签注申请”，填写完资料后可选择邮政快递代办或网上申请,待办理进度显示为制证过程中后到现场打印签注。
港澳通行证不是在深圳办理的且首次在深圳续签或想办理定居、探亲、商务签注，如果属于这种情况，就需要提前在网上预约后，再携带材料到现场办理，在预约系统中点击“出入境办证预约(非深户)”并选择好办理时间和地点,填写好资料即可。
港澳通行证
俗称双程证，是由中华人民共和国公安部出入境管理局签发给中国内地居民因私往香港、澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。
港澳团队旅行签证能自己过关吗？
港澳通行证是团队旅行签证（L签证），理论上不能个人单独出入境，但实际可以变通,在深圳各口岸都可以通过挂靠旅行社送关。
具体步骤：
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需要提前在网上预约旅行社送关，提供通行证上的：姓名、性别、出生年月日、通行证签发地、通行证号码,注明过关口岸及过关日期。
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旅行社会做团队名单手续,出发当天到口岸联系旅行社拿到团队过关表。
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拿到表格后，就可自己过海关边检,将过关表和通行证一起交给边检人员检查后可放行。
回来时不需要跟团也不需要表单,可以自己单独回来。
深圳哪里办理港澳通行证？
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深圳公安局出入境管理局
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福州公安分局出入境管理大队
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福田公安分局出入境管理大队
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南山公安分局出入境管理大队
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盐田公安分局出入境管理大队
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随信区公安分局出入境管理大队
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龙岗公安分局出入境管理大队
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沙湾公安分局出入境管理大队
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龙岗户籍地派出所
请用黑色或蓝黑色笔填写申请表，所提交复印件使用A4纸张复印,并按顺序装订上述所列提交的申请材料。
全部提交材料：
(一)提交填写完整的《深圳S居民往来港澳地区申请表》(属登记备案国家工作人员，须按干部管理权限加具单位意见或提交审查批件，申请表照片加盖骑缝章)，申请人浅蓝色底光学光面正面半身彩照(规格为48mmX33mm)两张(其中一张贴在申请表上)。
(二)提交申请人身份证、户口簿复印件，交验原件，如申请人未申领身份证的，须提交户籍地派出所出具的带相片的户籍证明,军人只须交验身份证明。
(三)属代办申请的，被委托人须在申请人“被委托人签名”栏签名,并交验被委托人的身份证件。
(四)公安机关认为确有必要的其他证明材料。