登录被控的Windows系统,点击“设置”图标-常规-勾选“开机时自动启动向日葵”，并且将“仅以服务形式运行，不显示任务栏图标”两项设置为关闭状态，最后点击“应用”并确认重启。
注意,如果您是在Windows 10及以上版本上操作，您可能需要点击“应用”-“电源选项”-“高级电源设置”进行相关设置，而不是直接“重启”，在开启“电源选项”的情况下，找到并点击“更改计划任务或活动”，然后勾选“以服务形式运行，不显示任务栏图标”并保存设置后，再启用“开机时自动启动向日葵”。
以下是一个简化的步骤说明：
- 登录并切换到被控系统的主界面。
- 在“设置”菜单中，找到并点击“常规”选项卡。
- 在“常规”下拉菜单中，找到并勾选“开机时自动启动向日葵”和“仅以服务形式运行，不显示任务栏图标”两个选项，并取消其当前设置。
- 点击“确定”保存更改。
- 按照上述方法开启电源选项,并确保对应的高级电源设置已勾选以允许自动启动向日葵，并取消显示任务栏图标的需求。
结束开机时自动启动隐藏的进程不会直接影响系统稳定性,因为这些启动行为是由Windows操作系统决定的，但长期来看，如果系统中的大量运行进程都是可隐藏的、服务模式的或者占用大量CPU和磁盘空间的，可能会导致系统运行缓慢、响应时间变长甚至出现蓝屏等问题，为了避免这些问题，最好采取一些措施，如定期清理不必要的后台进程、优化启动顺序、控制启动服务的数量等。
至于“隐藏桌面图标”，您可以在Windows 10中通过调整桌面上方的任务列表布局来实现，右键点击桌面空白区域，选择“布局”->“视图”，在弹出的视图设置窗口中，取消显示桌面图标这一项即可隐藏桌面图标，您也可以使用“任务管理器”功能，搜索进程名“xx.exe”，右键点击该进程，选择“性能监视器”，然后在结果窗口中检查该进程的PID（进程标识符），如果没有找到，就输入“xx.exe”进入该进程页面，检查其子进程的PID、名称和类型等信息，如果未找到，则点击“隐藏进程”按钮来隐藏这个进程的图标。
在任务管理器中隐藏进程的方法如下：
- 打开任务管理器,通常在开始菜单右侧的位置或按下Win+X组合键打开。
- 在顶部导航栏中,找到并点击“进程”或“进程组”标签页。
- 在左侧的“进程”分类中，找到您想要隐藏的进程，右键点击该进程，选择“性能监视器”或“性能信息”。
- 在性能信息窗口中,如果没有找到您要隐藏的进程的名称，您可以直接输入其进程名，这样会在结果窗口中列出该进程的所有相关信息，包括ID、名称、父进程ID、CPU、内存占用情况、工作集占用情况等，您可以在这里看到进程的各项参数和数据，比如占用了多少磁盘空间、有多少线程、使用的系统资源情况等。
- 如果在进程信息窗口中没有找到与您所想隐藏的进程相对应的信息,可以尝试在另一侧的“任务池”或“用户线程组”类别中查找，同样，输入进程名后，系统会列出与其相关的所有用户线程组，如果找不到，继续在“系统”或“虚拟内存”类别中寻找，这里可能会列出特定系统组件如文档驱动、媒体播放器等的详细信息。
为了进一步提高系统性能和兼容性,建议遵循以下几点：
- 定期更新Windows操作系统,尤其是最新的稳定版，修复已知的安全漏洞和性能问题。
- 对于重要的应用程序和功能,尽可能减少其后台运行次数，避免过多资源消耗。
- 使用系统自带的压缩工具和工具管理器来精简文件和程序,并正确删除不需要的临时文件和垃圾文件。
- 使用杀毒软件定期扫描系统和设备,及时清除病毒和恶意软件，防止它们对系统造成负面影响。
- 避免长时间保持浏览器加载过多的内容,尤其是在网页浏览过程中频繁刷新页面，这可能会占用大量的网络带宽资源，从而降低系统整体的性能。
针对如何让被控的进程在系统开机时自动运行且不影响系统正常运行的问题,以上方法提供了具体的操作指南和策略，帮助您更好地管理和优化系统资源，提升工作效率和用户体验，但请始终关注系统安全和性能瓶颈，遵循上述的步骤操作前做好充分的准备和评估，以确保操作的有效性和可控性。