《金刚狼2》的最终BOSS是矢志田S朗，作为一位经历过二战原子弹爆炸的幸存者，矢志田S朗在晚年成为了一位大财阀，他一直对金刚狼的自愈能力保持着极大的兴趣，企图通过获取金刚狼的自愈基因来实现永生，在电影结尾，矢志田S朗驾驶了一辆由艾德华·斯通（阿诺·韦金特饰）合金铸成的机甲登场，试图榨干金刚狼的自愈能力，他最终还是死于金刚狼之女真理子（优安卡·狄亚斯饰）的攻击之下。 关于金刚狼的自愈能力，电影中提到金刚狼被蛇女（亚历山大·斯凯特-怀特饰）植入了一个纳米机器人，这个机器人阻断了金刚狼的自愈能力，在电影的最后，金刚狼利用日本人提供的医疗器械成功将纳米机器人从自己体内取出，从而恢复了自愈能力，金刚狼在电影结束时依然保有自愈能力。 金刚狼2》的下一部按剧情走看的电影，《X战警：逆转未来》是一个合理的选择，该片是《X战警3》和《X战警：第一战》的续集，讲述了X战警在一个不太遥远的未来遭遇了史上最大的生存危机，他们必须回到过去，阻止特拉斯克工业的研究导致X战警的灭绝，这部电影不仅延续了漫威超级英雄系列的经典元素，还加入了科幻元素，探讨了机器人与人类的关系。
- X教授复活了,他的复活方式涉及到某种秘密技术。
- X教授与万磁王联手,共同面对一个强大的敌人。
- 万磁王提到有一个强大的黑暗势力要去面对,而人类发明了一种强大的武器，可以杀死变种人。
这些彩蛋为未来的电影埋下了伏笔,同时也为观众提供了关于X教授和万磁王合作的预兆。
金刚狼2》的时间线，电影发生在《X战警3》之后，在《X战警3》中，X教授被黑化的凤凰女（杰洛姆·库尔迪饰）杀死，而金刚狼为了保护身为解药的变种人和人类与万磁王的激进派在岛上展开了激烈的战斗，最终金刚狼选择了自我放逐，这为《金刚狼2》的故事奠定了基础，日本女孩在深山中发现了流亡的金刚狼，将他带回了日本，开启了《金刚狼2》的故事。
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